Ý tưởng thành lập RMS được bắt đầu từ ngày 3/9/1839 trong một cuộc họp được tổ chức ở London bao gồm 17 nhà vật lý, trong đó bao gồm nhà sinh học, vật lý học Joseph Jackson Lister, nhiếp ảnh gia Joseph Bancroft Reade, nhà thực vật học Edwin John Quekett, Richard Kippist,[9][10] và nhà phát minh Cornelius Varley,[11][12] với mục tiêu thúc đẩy việc hình thành một hiệp hội nhằm phát triển việc nghiên cứu các kỹ thuật quan sát vi cấu trúc cũng như cải tiến các kỹ thuật hiển vi thành một công cụ khoa học.[1][13][14][15][16] following a decade of great advances in the field of microscopy.[17] Cuộc họp đi đến thống nhất việc thành lập một hội (nghiệp dư) mang tên Hội Hiển vi Luân Đôn và cả nhóm 17 người đã cùng soạn thảo những quy tắc hoạt động đầu tiên của hội. Hội chính thức ra mắt công chúng hơn ba tháng sau đó tại một hội thảo nhỏ được tổ chức ở 21 Regents Street (Luân Đôn) vào ngày 20 tháng 12 năm 1839, với chủ tịch đầu tiên được bầu là Richard Owen (1804 – 1892), nhà sinh học và giải phẫu học người Anh (giáo sư trường Cao đẳng Phẫu thuật Hoàng gia). Tại hội thảo này, 40 hội viên đầu tiên của RMS cũng đã được kết nạp.[10]

Tên gọi Hội Hiển vi Hoàng gia (RMS) như ngày nay được chính thức xác lập từ năm 1866 dưới hiến chương Hoàng gia